Dalawa sa mga barko ang tinanggal ang kanilang mga bandila sa panahon ng isang biglaang inspeksyon ng International Ships Registry ng Guinea-Bissau, na nag-iwan sa kanila na hindi makalayag. Inilarawan ito ng Koalisyon ng Freedom Flotilla bilang isang pampulitikang hakbang at inakusahan ang Israel na naglalapat ng presyon upang pigilan ang flotilla. Isang tagapag-organisa, si Torstein Dahle, ang nagmungkahi na nagkaroon ng pakikipag-ugnayan sa pagitan ng Israel at ng pangulo ng Guinea-Bissau. Ang pagkansela ng isang kaganapan na inorganisa ng Koalisyon ng Freedom Flotilla, na kinabibilangan ng mga Turkish at internasyonal na organisasyon tulad ng IHH at Mavi Marmara Association, ay nagpahina sa daan-daang mga kalahok. Ang pagkuha ng watawat para sa pangyayaring ito ay isang mahabang proseso, subalit ang mga tagapag-ayos ay determinadong hindi sumuko. Noong 2010, ang Mavi Marmara, isa pang barko mula sa koalisyon, ay sinakop ng mga Israeli commandos sa mga pandaigdigang tubig, na nagresulta sa pagkamatay ng siyam na tao at pinsala sa dose-dosenang mga aktibista at pitong sundalo.