गिनी-बिसाऊ अंतर्राष्ट्रीय जहाज रजिस्ट्री द्वारा एक आश्चर्यजनक निरीक्षण के दौरान दो जहाजों के झंडे हटा दिए गए, जिससे वे नौकायन करने में असमर्थ हो गए। फ्रीडम फ्लोटिला गठबंधन ने इसे एक राजनीतिक कदम बताया और इजरायल पर फ्लोटिला को रोकने के लिए दबाव बनाने का आरोप लगाया। एक आयोजक, टॉर्स्टीन दाहल ने सुझाव दिया कि इजरायल और गिनी-बिसाऊ के राष्ट्रपति के बीच संपर्क हुआ है। फ्रीडम फ्लोटिला गठबंधन द्वारा आयोजित एक कार्यक्रम को रद्द करने से, जिसमें आईएचएच और मावी मरमारा एसोसिएशन जैसे तुर्की और अंतर्राष्ट्रीय संगठन शामिल हैं, सैकड़ों प्रतिभागियों को निराश किया। इस आयोजन के लिए एक झंडा प्राप्त करना एक लंबी प्रक्रिया है, लेकिन आयोजक हार नहीं मानने के लिए दृढ़ हैं। 2010 में, गठबंधन के एक अन्य जहाज मावी मरमारा पर इजरायली कमांडो ने अंतरराष्ट्रीय जल में हमला किया, जिसके परिणामस्वरूप नौ लोगों की मौत हो गई और दर्जनों कार्यकर्ताओं और सात सैनिकों को चोटें आईं।