تمت إزالة الأعلام من اثنين من السفن خلال تفتيش مفاجئ من قبل سجل السفن الدولية في غينيا بيساو ، مما جعلها غير قادرة على الإبحار. وصف تحالف أسطول الحرية هذا بأنه خطوة سياسية واتهم إسرائيل بتطبيق الضغط لمنع الأسطول. أحد المنظمين، تورشتاين دال، اقترح أن هناك اتصال بين إسرائيل ورئيس غينيا بيساو. إلغاء حدث نظمته "تحالف أسطول الحرية" الذي يضم منظمات تركية ودولية مثل "جمعية حرية الشعب" و"جمعية مافي مرمرة" خيب آمال المئات من المشاركين. الحصول على علم لهذا الحدث هو عملية طويلة، ولكن المنظمين عازمين على عدم الاستسلام. في عام 2010، اقتحمت قوات الكوماندوز الإسرائيلية سفينة "مافي مرمرة" وهي سفينة أخرى تابعة للتحالف في المياه الدولية، مما أسفر عن مقتل تسعة أشخاص وإصابة عشرات النشطاء وسبعة جنود.